L'histoire de l'abbaye de la Couture est rythmée par de nombreux incendies et destructions.

La première recensée date de la fin du IXe siècle, suite à l'invasion es Normands. Il faudra attendre les environs de l'année 990 pour que l'abbé Gauzbert, aidé du comte du Maine, Hugues, entreprenne les restaurations de son abbaye. C'est alors que cette dernière prend le nom d'abbaye Saint-Pierre de la Couture. De cette époque datent également les parties les plus anciennes de l'actuelle église : probablement la crypte, les parties basses du choeur et quelques pans de la nef.

Au siècle suivant (XIe siècle), fut construite l'église paroissiale Notre-Dame, qui dépendait de l'abbaye puisque les abbés présentaient le curé et que certains revenus de l'église paroissiale étaient prélevés par les moines.

En 1134, un incendie ravagea la ville du Mans. Peut-être atteignit-il aussi l'abbatiale, pourtant hors des murs de la cité. Toujours est-il que dans les années 1130, une campagne de restauration commença dans l'abbaye : les moines reconstruisirent toute la partie supérieure du choeur, au dessus des arcades, à partir du cordon à modillons, exception faite des fenêtres qui datent du XIVe siècle.

A la fin du XII siècle, de nouveaux travaux sont entrepris à la Couture. C'est de cette époque que date probablement le début de la reconstruction de la nef actuelle. Cela intervient encore après un incendie : celui de 1180.En résulta une unique nef voûtée, divisée en trois travées, qui fut achevée au début du XIIIe siècle.
Sa façade avec les deux tours inachevées et le porche étaient terminés à la fin de ce même siècle.
Dans le même temps, on bâtit la chapelle de la Sainte-Vierge à la place d'une chapelle romane.

Le XIVe siècle connut lui aussi son incendie et ses transformations de l'abbaye. En 1306, un incendie détruisit une partie du monastère. Cela n'empêcha pas les moines de continuer à modifier leur abbatiale.
Ainsi, du XIVe siècle datent les meneaux des fenêtres et les voûtes du choeur, la chapelle Sainte-Marcelle et la grande fenêtre de la façade au dessus du porche.

De même, le XVe siècle eut son incendie : en 1421, et ses modifications : la grande chapelle du Lion Fort date de cette époque, ainsi que les voûtes du transept et les stalles en chêne du choeur, aujourd'hui disparues

Dans la première partie du XVIe siècle, il n'y eut pas de grandes campagnes de travaux d'entreprises mais seulement quelques restaurations. Toutefois, de cette époque datent les voûtes du pourtour du choeur, comme nous l'indique le blason de l'abbé du moment, sur les clefs de voûte devant la chapelle du Sacré-Coeur. La deuxième partie du XVIe siècle fut plus mouvementée, puisque, en 1562, les Huguenots, alors maîtres de la ville du Mans, mirent à sac l'abbaye, comme la plupart des églises de la ville. Ils brisèrent
notamment les statues du Christ et des saints, volèrent ornements et vases liturgiques, brûlèrent les livres de la bibliothèque, firent tomber les cloches et profanèrent les tombeaux de l'abbaye, notamment celui
de saint Bertrand, dont les cendres furent éparpillées sur le parvis. De la fin du XVIe siècle, date également la Vierge de Germain Pilon.