IL était assez fréquent que le baptistère soit construit en dehors de l'église car la cérémonie même du baptême requérait un espace important du fait du déroulement et par le nombre de participants. Les catéchumènes déposaient leurs vêtements avant d'être plongés dans la piscine baptismale. Dans la plupart des lieux, ils descendaient trois marches et en ressortaient du côté opposé en souvenir de la traversée de la Mer Rouge qui avait libéré les Hébreux, dirigés par Moïse,de l'esclavage et des idoles de l'Egypte. Quant à la plongée elle-même, elle représente la mort au péché avec le Christ, pour se relever, ressusciter avec lui à la vie, d'où les trois marches, rprésentant les trois jours entre la mort et la résurrection du Christ.

Après être sortis de l'eau, les nouveaux baptisés revêtaient le vêtement blanc et étaient oints du saint chrême, et souvent, participaient à l'Eucharistie.

Les baptistères étaient souvent construits sur un plan octogonal,car le chiffre 8 évoque la résurrection du Seigneur, accomplie le lendemain du 7e jour, qui est le sabbat. Le retable date du XVIe siècle. Il décorait autrefois la chapelle du Sacré-Coeur ou du Saint-Sacrement. On peut y voir la Vierge de Germain Pilon, ainsi que les statues de Saint Pierre et Saint Paul attribuées à ses élèves.     

Au dessus des fonts en marbre, on retrouve un relief évoquant le baptême de Jésus par saint Jean Baptiste. Cette chapelle des fonts baptismaux communique avec la sacristie par les anciens cloîtres de l'abbaye. Deux tapisseries « verdure et animaux» à droite, « scène de chasse » à gauche.