Etendue sous tout le choeur, elle fut construite au Xe siècle à l'emplacement du tombeau de saint Bertrand. Elle a été restaurée en 1838.

Couverte par des voûtes en arêtes, elle est divisée en trois nefs par 8 colonnes terminées par des hapiteaux barbares. Ces colonnes sont toutes différentes les unes des autres.

On remarquera particulièrement la colonne au fond, côté Nord, dont la base est constituée d'un chapiteau retourné. En fait, ce sont des matériaux de récupérations

(pris dans des monuments détruits, peut-être d'anciens temples gallo-romains) qui ont servi pour construire ces colonnes. Le tombeau de saint Bertrand se trouve sous l'autel de la crypte dans un enfeu moderne. La statue funéraire du saint est couchée dans l'enfeu. Saint Bertrand est représenté avec sa mitre d'évêque, la tête sur un coussin et les mains jointes sur la poitrine. Il tient dans ses mains des actes qui ont trait à la fondation de l'abbaye et à son testament dans lequel il demandait d'y être enterré. Ce tombeau fut profané en 1562 par les Protestants et les cendres de saint Bertrand éparpillées par l'un d'eux. L'histoire veut que ce personnage mourût dans d'atroces souffrances suite à son méfait. Au sol de la Crypte, la dalle funéraire de l'évêque écossais Guillaume Dalton de Hilsaton, mort en 1712 . Au fond de la Crypte, une statue de Piéta. Dans la crypte on peut voir enfin une dalle funéraire datant du XVe siècle, celle de Jehanne de Surlestanc, mais on ne sait rien sur cette dame.